La importancia de la ciudad como puerto ha disminuido en los años recientes debido a la construcción de modernas y más eficientes terminales de granos en San Lorenzo y San Martin al Norte y Punta Alvear, Alfred Toepfer Int., VGG Cargill SACI y General Lagos (terminales de granos, subproductos y aceites vegetales) al sur, a pesar de que las terminales del sur continúan bajo la jurisdicción de la aduana de Rosario. El comercio en cargas envasadas murió, dejando a la vieja ciudad muelles de uso ocioso excepto por los embarques estacionales de azúcar, cítricos, garza mineral y la mayoría de las operaciones de carga ha sido llevada a cabo en el Nuevo (Sur) Muelle.
Las autoridades portuarias recientes, ENAPRO (Ente Administrador Puerto de Rosario), la entidad pública apuntada para administrar el puerto cuando el estado renunciara en 1994, ha entregado en concesión a través de una oferta pública las operaciones del puerto por 30 años a la Autoridad Portuaria Tarragona, desde el 17 de octubre de 2002.
En 2009 la Terminal Puerto Rosario fue modificada por las autoridades oficiales, esperando poder efectuar operaciones portuarias más eficientes con barras de metal, azúcar, cargas generales, aceites vegetales, fertilizantes, etc., llegando desde otros países y/o por transbordo. De acuerdo con las normas de las Autoridades Portuarias, el calado máximo en esta terminal es de no más de 30 pies y tienen una capacidad de 80.000 toneladas de azúcar desde Messrs Concepción y Azúcar Ledesma. Las barras de metal son operadas por Messrs Gerdau Sipar. Los aceites vegetales son cargados y descargados por Messrs Aceitera Gral. Deheza SA con una capacidad de 65.000 toneladas de aceite vegetal como aceite de soja, aceite de girasol, aceite de maní, etc.
De norte a sur, puede ser convenientemente dividido en cinco grupos.
a) Muelle elevador
b) Muelle de carga general de la ciudad
c) Muelles MOP
d) Muelle Nuevo Sur
e) Elevadores de granos VI y VII
a) Muelle elevador:
Unidad III - Km. 423:
Elevador construido en 1940 para la compra de NGB por Servicios Portuarios SA. El muelle de buques cuenta con dos dolphins a una distancia de 80 m entre sí con cadenas de amarre al norte y sur. Buques de 220 m pueden amarrar en este muelle. La carga desde silos se realiza a través de dos cintas transportadoras y grúas cargadoras fijadas con conductos telescópicos. Las grúas tienen un movimiento horizontal limitado.
Los buques deben desplazarse en el muelle para traer las bodegas bajo los conductos. Ritmo de carga de 850 TPH.
Capacidad de almacenamiento de 82.000 toneladas, profundidad al pie de 9,10 m (30 ft), calado aéreo de aproximadamente 17 m. Agua fresca disponible en el muelle. Pasarela disponible en la costa. No disponible para embarque combustibles.
b) Muelles de carga general de la ciudad:
Los muelles de la ciudad, en conjunto con el Muelle Nuevo Sur, son parte de la fallada y reasignada concesión. Los muelles fueron utilizados para la carga de cítricos y azúcar a granel, mientras que el Muelle del Sur es apropiado para la descarga de cargas a granel como fertilizantes y barras de metal, así como la carga de aceites vegetales desde tanques de almacenaje adyacentes.
Zona liberada para paraguayos y bolivianos: km 417
Muelle de 300 m de longitud para descarga de barcazas desde Paraguay y Bolivia y transbordo en elevador, para la posterior exportación en buques oceánicos. Sin embargo no ha habido actividad desde hace bastante tiempo.
c) Muelles MOP:
Estos muelles pertenecen al Ministerio Público de Trabajo e incluye la reparación y secado de las instalaciones y la reparación y asistencia de pequeños barcos en la hidrovía Paraná-Paraguay, reparando las luces de las boyas, etc.
d) Muelle Nuevo Sur (conocido como Planta Guide):
Longitud de 570 m, de pilotes de hormigón armado con un añadido de 150 m desde el extremo norte debido a daños del muelle. Se trata de un muelle muy abierto, con 2x12,5 ton SWL grúas equipadas con palas. Dos tuberías de aceite vegetal desde el tanque de almacenaje adyacente de 18.000 de capacidad, perteneciente a GUIDE, situado adyacente al extremo sur del muelle. Las cargas de aceite vegetal se realizan regularmente a un ritmo de carga de 350/500 TPH. Los buques operan en segundo lugar si es necesario. La profundidad al pie es de about 6,10-7, 60 m (20-25 ft) y la altura de la superficie del muelle sobre el nivel es de 7,35 m (24 ft), como la mayoría de los muelles rosarinos. Como ya se ha mencionado, este muelle ha sido reasignado a un nuevo concesionario. Los nuevos operadores de contenedores poseen en el área del puerto una gran estación de contenedores donde cargan y descargan en la zona primaria de Aduana. Estos contenedores llegan desde Asunción (Paraguay), Buenos Aires, Montevideo (Uruguay) con diferentes bienes para otras provincias dentro de Argentina y/o en tránsito al Mercosur (Brasil / Paraguay/ Bolivia/ Chile/ Uruguay).
e) Elevadores de grano VI y VII (concesión Messrs Servicios Portuarios S.A)
Unidad terminal VI:
debido a una colisión en abril de 1995 se produjeron fuertes daños, cuyas reparaciones fueron llevadas a cabo y este elevador reasumió las operaciones de carga en marzo de 1997. El elevador fue construido hace unos 50 años. El muelle se desarrolla con cuatro dolphins y una longitud total de 250 m. Posee dos cintas transportadoras inclinadas que cargan desde los silos hacia una galería de embarques, la cual se soporta sobre ocho torres con ocho conductos telescópicos. Los silos de almacenaje tienen uan capacidad de 120.000 toneladas. El ritmo promedio de carga es de 1200 TPH. El muelle cuenta con vías férreas anchas y angostas.
Unidad Terminal VII:
Actualmente no se encuentra en operaciones debido a importantes daños en el muelle, debidos a colisión de buques. El actual propietario Messrs Servicios Portuarios SA permanece inactivo, ex elevador NGB así como la Unidad VI tomada en concesión por 25 años, desde 1966, por Servicios Portuarios SA. Construido sobre hormigón armado, este muelle se encuentra en ángulo con Unidad VI y el río y es el más austral de las instalaciones portuarias de la ciudad. Posee una longitud total de 250 m. La carga se realiza a través de siete tubos telescópicos con un alcance de 21 m directamente desde el elevador. La capacidad de almacenaje en silos es de 80.000 toneladas. Ritmo de carga promedio de 1200 TPH. Profundidad al pie de 7,90 – 9 m (26-29`6”), calado aéreo de 22 m.